本书续《塞外奇侠传》故事。纳兰明慧与多铎大婚前夕，杨云骢潜入纳兰府抢出女儿宝珠，却遭到清廷高手的追杀。他虽尽歼来敌，自己也身受重伤，临终前遇到遭女友误解而有意轻生的少年梁穆郎。杨开导他打消轻生之念，并将女儿托付给他带上天山学艺。

　　十六年后，草原上出现了晦明禅师的关门弟子“天山神芒”凌未风，杨云骢与纳兰明慧之女易兰珠也艺成下山，立志刺杀多铎以报父仇。五台山清凉寺前，前明鲁王旧部在鲁王大将刘精一之女刘郁芳的率领下刺杀多铎，却因晦明禅师之徒、投靠清廷的楚昭南阻挠而功败垂成，幸好有武林前辈神医傅青主出手才避过一难，但前明名臣张煌言之子张华昭负伤被擒。傅青主和义女冒浣莲夜探清凉寺，无意间发现了出家多年的顺治皇帝。顺治出于对冒浣莲之母董小宛的愧疚而放走他们，前来探望父亲的康熙皇帝却惟恐机密外泄，令手下暗杀了顺治。这时天地会总舵主韩志邦也带人与刘郁芳会合，韩志邦为顾全大局，甘愿将总舵主之位让与刘郁芳。群雄得知平西王吴三桂密谋起兵反清的消息，凌未风、傅青主、刘郁芳等人决定利用这一机会图谋复国，当下兵分几路，四下联络，易兰珠则意欲独往京城营救张华昭。

　　凌未风、刘郁芳、韩志邦三人同行，韩志邦对刘郁芳一往情深，而刘郁芳一直怀疑凌未风是十六年前被其误会的恋人，凌未风却矢口否认。途中适逢清廷卫士劫夺西藏佛门圣物“舍利子”，凌未风仗义出手，力败不肖师兄楚昭南，自己也被大内卫士暗器烧伤。刘郁芳对凌未风关怀备至，韩志邦黯然神伤，独自离去，却于无意中寻到“舍利子”并得到达摩祖师传下的武功秘籍。韩将“舍利子”归还西藏佛门而被奉为上宾，不料秘籍却被一神秘人抢走。

　　在云南境内，凌未风与刘郁芳遇见闯王余部李来亨的堂弟李思永，三人一见如故，同往昆明吴三桂处谈判合作抗清事宜，因意见不合，被吴三桂设计关入地牢。恰逢傅青主和冒浣莲来到昆明，将凌未风等人救出。傅青主在剑阁遇到一武功奇高的少年桂仲明，因自以为杀死生父而精神错乱。傅青主指引桂仲明找到其亲生父母，并指点冒浣莲将其治愈，桂冒两人成为爱侣。桂仲明的义父桂天澜隐居剑阁多年，只为看守抗清名将李定国遗下用于复国的十万八千斤黄金。桂天澜被清廷卫士围攻而死，一些绿林豪杰企图分金，幸得凌未风以其武功、机智、大义使群豪慑服，将黄金收归李来亨军中，共为反清复国而效力。

　　桂仲明、冒浣莲奉命进京探求易兰珠、张华昭的消息，几经周折，终使得易兰珠、张华昭双双脱险。在生死患难的遭遇中，张华昭与易兰珠心心相印。吴三桂起兵，多铎奉旨征讨吴三桂及李来亨部，临行前向纳兰明慧辞别途中被易兰珠刺杀身亡，易兰珠也被擒而打入天牢。纳兰明慧无计救女，于绝望中自尽，凌未风大闹天牢也功败垂成，后得飞红巾、韩志邦及京师群雄相助，才将易兰珠救出。

　　凌未风携桂仲明、冒浣莲、张华昭上天山寻找被飞红巾带走的易兰珠。在骆驼峰，凌未风击败了劫走韩志邦秘籍的神秘人，武当原掌门卓一航的弟子辛龙子，并采得了卓一航师徒苦守六十年的能使白发变黑的优昙仙花。在晦明禅师指点之下，张华昭将优昙仙花送到了白发魔女面前。白发魔女回首往事，追忆卓一航的柔情蜜意，终于同意让易兰珠下山。经过凌未风的开导，飞红巾也恢复了飒飒英姿，决心再度下山高举抗清大旗。

　　李来亨部终因寡不敌众而被击败，刘郁芳、傅青主、李思永等人潜入回疆与凌未风等会合，多次挫败清廷对回疆的图谋，并收服了好武成痴的辛龙子。后凌未风等人在冰河落入楚昭南为首的清廷侍卫包围圈中，一番苦战，双方均伤亡惨重，刘郁芳坠崖后侥幸逃生，凌未风在恶斗之际突发旧病，被楚昭南擒住。

　　楚昭南为迫使凌未风交出晦明禅师遗下的剑谱拳经，将他关押在西藏布达拉宫百般折磨。凌未风越狱不成自度将死，设法让人带出血书，向刘郁芳承认自己正是她从前的恋人梁穆郎。刘郁芳悲痛欲绝，韩志邦得知真相后化装入宫，说动活佛放走凌未风，自己则假扮凌未风的模样留在迷宫中替他而死。傅青主、刘郁芳等率众杀入迷宫，楚昭南重伤在易兰珠手中，走投无路终于自杀。

　　劫后重逢，凌未风、刘郁芳感慨万千，怀着对韩志邦的歉疚怀念之心，两人最终没有走到一起。刘郁芳独往江南重整鲁王旧部，而“天山七剑”中，凌未风传了晦明禅师衣钵，光大天山门户；飞红巾又当了回疆各族盟主，叱咤草原之上；桂仲明成为武当北支的开山祖师；冒浣莲、易兰珠、张华昭、武琼瑶以天山为家，但经常下山行侠仗义。天山七剑之名，永远留传在武林正义之士心中。