明正统年间，瓦剌屡犯边关。出使瓦剌的明朝大臣云靖被瓦剌右丞相张宗周扣留，牧马二十年受尽折磨，在儿子云澄及其同门潮音和尚、谢天华等的帮助下终于逃出，云澄却在抵挡追兵时身负重伤坠下悬崖，云靖也在两国交界的雁门关被圣旨以毒酒赐死。临终之际，云靖把七岁的孙女云蕾托付给谢天华，并留下羊皮血书，要云蕾长大后向张宗周复仇。谢天华将云蕾送给师妹“飞天龙女”叶盈盈为徒，自己孤身前往漠北刺杀张宗周。

　　十年后，云蕾艺成出师，在雁门关与云靖好友金刀寨主周健相认，女扮男装上京师寻访失散多年的哥哥云重，途中结识了貌似穷酸书生的青年侠士张丹枫，又被黑石庄庄主石英招为女婿。张丹枫从黑石庄取得藏宝图，与云蕾一路同行上京。途中两人遭遇孪生大盗黑白摩诃，发觉双剑合璧威力大增，联手打败了黑白摩诃，但云蕾也受了内伤。张丹枫道出早知云蕾女扮男装，两人在古墓疗伤三日，感情日增，云蕾也得知张丹枫正是师伯谢天华的弟子，更是仇人张宗周的儿子。云蕾在羊皮血书的心理压力下动手刺伤张丹枫，但终于不忍心下杀手，两人在哀伤痛苦中分手。

　　云蕾与师伯潮音和尚、周健之子周山民、石英之女石翠凤等会合，一起寻访绿林大豪“震三界”毕道凡。张丹枫也来到毕家，原来他的祖先正是曾与朱元璋争夺天下的大周皇帝张士诚，而他这次入关也是为了取得祖先留下的宝藏再与明朝争夺江山。这时锦衣卫突然出现围捕毕道凡一家，危急之际，张丹枫与云蕾再度双剑合璧，帮助众人冲出重围，并打败了京师第一高手张风府，只有周山民落入官军手中。张风府义释周山民，并在张丹枫的安排下避免了祸延自身。云蕾意外见到了在御林军中为官的哥哥云重，而云重同样对张丹枫满怀仇恨，云蕾充满矛盾，不敢与哥哥相认。

　　云蕾独自来到京师，在大臣于谦家偷听得张丹枫剖析瓦剌敌情，一片为国为民之心，令于谦大为赞赏。云蕾拜见于谦，得知祖父云靖当年是被司礼太监王振假传圣旨害死。于谦带云蕾到校场观看争夺武状元的比武，张丹枫暗助云重夺得武状元。正统皇帝朱祁镇召见云重，密令其带领大内高手追踪张丹枫到苏州寻宝。

　　张丹枫在苏州以超群的武功赌技，从当地豪强手中夺回了祖业快活林，寻得宝藏钥匙，又来到太湖西洞庭山，在洞庭庄主澹台仲元、澹台镜明父女的帮助下获得了张士诚遗下的宝藏及彭和尚绘制的军用地图。云重所带领的大内高手、瓦剌太师也先和王振的爪牙等人追寻宝藏先后而至，一场混战，危急关头云蕾赶到，双剑合璧，尽歼也先和王振的爪牙。云重被毒掌所伤，张丹枫假手镜明治好了云重，并促成了两人的恋情，云重兄妹也终于相认。在瓦剌入侵的危机关头，张丹枫决意放弃私怨，将宝藏和地图献给于谦，云重为张丹枫大义所感，命云蕾与张丹枫一起带地图赴京抗敌，但不许二人成为夫妇。张云二人进京途中得知朱祁镇受王振怂恿御驾亲征，赶到土木堡时明军已全军覆没，朱祁镇也被也先俘虏。张丹枫深入瓦剌军中，说动朱祁镇坚守气节以待救援，自己却身陷重围，幸得幼时好友也先之女脱不花相救才得逃脱。

　　于谦为断绝也先以被俘皇帝要挟明朝投降的企图，在张丹枫的进言下坚定了决心，立朱祁镇之弟朱祁鈺为帝，尽杀王振党羽，并在众多豪杰相助之下指挥了北京保卫战，打退了也先的进攻。

　　瓦剌兵退之后，张丹枫和云蕾受于谦所托前往瓦剌探听消息。云蕾终于向石翠凤说明自己女扮男装的真相，并撮合了石翠凤和周山民的恋情。在雁门关两人见到师傅谢天华、叶盈盈，大魔头上官天野的弟子乌蒙夫、林仙韵，以及隐居紫竹林的前辈女侠萧韵兰，由此牵扯出师门一段三十年前的恩怨往事。在瓦剌京城张丹枫面见也先示以利害，也先最终同意与明廷议和。张宗周认识到依靠瓦剌力量复国想法的错误，对张丹枫献宝之举表示了谅解，自己也决心辞官归隐，终老瓦剌。

　　张云二人为践师门之约来到唐古拉山，在山脚下的愕罗部落，张丹枫设计破坏了也先与酋长联盟的计划。云蕾寻到了母亲和大难不死的父亲云澄，但云澄对张家恨之入骨，强迫云蕾和张丹枫分手。张丹枫在极度伤心之下精神陷入癫狂，却阴差阳错与师祖玄机逸士的对头上官天野结成忘年之交。谢、叶、张、云师徒两对双剑合璧合战上官天野，正在两败俱伤的危机关头，玄机逸士赶到化解了恩怨。玄机逸士、上官天野、萧韵兰三人解开了少年时的情结，共同归隐参悟上乘武学，谢天华与叶盈盈，乌蒙夫与林仙韵也终成眷属，唯有张丹枫与云蕾恩怨难解，再次黯然分手。

　　云重奉于谦之命出使瓦剌，在张丹枫的帮助下粉碎了也先折辱明朝使者的阴谋，终于缔结和约迎回了朱祁镇。也先派兵围困张府，以炮轰为威胁逼迫张宗周、张丹枫父子屈服。危急关头，脱不花用鲜血染红了炮口，赢得了营救的时间，云重也终于放下对张家的仇恨，以使臣身份登门拜访，粉碎了也先的阴谋。这时云澄和云蕾也来到张府，张宗周面对往事充满自责，最终以死谢罪。

　　张丹枫单骑回到江南，正在失意伤心之际，云蕾与父母兄嫂一同赶到苏州。云澄经张宗周自杀道歉之后怨气已消，允许云蕾与张丹枫结为夫妇。

　　张丹枫与云蕾相对无言，盈盈一笑，尽把恩仇了。